Trois ordres d'application vont directement découler de la génomique :

Application au diagnostic :

Des puces à ADN comportant des amplicons porteurs de facteurs de virulence, des gènes de résistance aux antibiotiques, et des séquences spécifiques d'espèce vont apparaître.

L’introduction de cette technologie dans les laboratoires de routine devrait permettre d’améliorer et d’accélérer le diagnostic microbiologique ainsi que la détermination des résistances.

Fait important l’adjonction au sein de ces puces de gènes correspondant à des facteurs de virulence permettra d’identifier des pathotypes et donc d’adapter la décision thérapeutique au risque infectieux réel.

Application à la recherche d’antigènes vaccinaux :

Le meilleur exemple de cette application est la recherche d’antigènes vaccinaux contre le méningocoque.

Un antigène vaccinal protéique contre Neisseria meningitidis doit être conservé, situé dans la membrane externe, et induire des anticorps bactéricides.

Une analyse fine de la séquence génomique a permis de repérer l'ensemble des protéines qui sont dans la membrane externe (~ 300). Ces protéines ont été purifiées.

Des anticorps ont été produits contre ces protéines et le pouvoir bactéricide de ces anticorps déterminé.

7 de ces protéines induisent la formation d’anticorps bactéricides et constituent donc de bons candidats vaccinaux.

Découverte de nouveaux agents antiinfectieux :

Il s’agit essentiellement d’antibiotiques qui doivent inhiber la croissance bactérienne.

Le jeu consiste à identifier de nouvelles cibles pour de nouvelles classes d’antibiotiques.

Le préalable est l’identification des gènes essentiels, c’est à dire les gènes qui ne peuvent être mutagénisés car indispensables à la croissance bactérienne.

Ceux qui seront conservés au sein d’un groupe bactérien peuvent éventuellement servir de cible pour de nouvelles classes d'antibiotiques.

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