Les bactéries sont classées à partir des données du génome (GC%, séquençage partiel ou total) en grandes familles, en genres et espèces.

Une espèce bactérienne est définit par un taux d'hybridation DNA-DNA de plus de 70% pour les souches d'une population bactérienne donnée.

Un genre peut comporter plusieurs espèces génétiquement proches.

Exemples : la famille des Vibrionacae, le genre Vibrio, l'espèce Vibrio cholerae ; la famille des Enterobacteriacae, le genre Klebsiella , les espèces Klebsiella pneumoniae, Klebsiella ozenae, Klebsiella oxytoca, et Klebsiella rhinoscleromatis.

On utilise en pratique pour désigner les bactéries uniquement les noms de genre et d'espèce.

Les noms de bactéries s'écrivent en italiques.

En l'absence d'identification précise d'une espèce (ce qui peut arriver sans affecter les décisions thérapeutiques), on utilise la nomenclature sp (espèce non précisée): exemple Klebsiella sp.

Chaque espèce est constituée d'une population d'individus appelés souches ou isolats bactériens.

Ces souches présentent des variations phénotypiques (sensibilité aux antibiotiques, tests biochimiques...) et sont définies par un profil génétique de restriction qui leur est propre.

Certaines espèces bactériennes sont oligoclonales, c'est-à-dire qu'elles ne comprennent que très peu de souches, d'autres sont très hétérogènes comprenant beaucoup de souches (hétéroclonales).

L'isolement d'une même souche chez plusieurs patients définit une épidémie.

La classification des bactéries médicale est basée sur une approche d'abord empirique (morphologie, Gram, aspect des colonies, aérobiose ou anaérobiose, caractères métaboliques, antigéniques...)., puis par une approche moléculaire (séquençage de gènes type rRNA 16-23s, rpoB, sod...).

Cette approche permet de replacer chaque espèce bactérienne au sein de l'arbre phylogénétique du monde vivant.

Classification très simplifiée des bactéries d’intérêt médical :

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