Le devenir des bactéries dans l'hôte au cours d’une maladie infectieuse passe par une phase de croissance correspondant à l'implantation et à la diffusion tissulaire des bactéries.

Puis, l'immunité contrôle le plus souvent la prolifération bactérienne dans les tissus et à la porte d'entrée et les bactéries sont éliminées.

L’hôte garde une résistance acquise de longue durée contre toute réinfection.

Dans les cas défavorables, l’hôte ne peut se débarrasser des bactéries à croissance lente ( lèpre, tuberculose...) ou rapide ( peste...) et finit par mourir.

Il est fréquent que les bactéries après guérison restent implantée à la porte d'entrée pendant quelques mois.

Au cours de ce portage chronique qui contribue à la transmission de la maladie, le germe se comporte habituellement comme une bactérie commensale pour l’hôte (Streptococcus pyogenes , Staphylococcus aureus, Haemophilus influenzae, , Neisseria meningitidis, , Chlamydia, Salmonella typhi...).

Enfin, certaines bactéries peuvent persister dans les tissus de façon asymptomatique, mais des résurgences sont possibles des années après la primoinfection.

Les bactéries sont séquestrées autour d’un corps étranger (prothèse, suture, calcul, parasite tel que bilharzie) ou dans un granulome fibreux (Staphylococcus aureus, M. tuberculosis, Pseudomonas pseudomallei...), dans un tissu non accessible au système immunitaire (chambre antérieure de l’oeil pour T pallidum et leptospires...), ou encore dans des sites intracellulaires comme des cellules épithéliales ou endothéliales (Chlamydia, rickettsies...).

Il peut en résulter des résurgences de la maladie des années ou décennies plus tard.

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