Principes de l’épidémiologie des maladies infectieuses :

Nous abordons l’épidémiologie des maladies transmissibles, terminologie moderne englobant les maladies dites infectieuses, c’est-à-dire l’ensemble des maladies provoquées par un micro-organisme.

Le terme de maladies contagieuses, moins utilisé actuellement, renvoie essentiellement aux maladies infectieuses à transmission directe inter-humaine (notion de « contage ») et à fort potentiel de diffusion épidémique dans une collectivité.

Certaines maladies infectieuses à transmission vectorielle par exemple (paludisme) ou dont le réservoir est dans l’environnement (légionellose) ou encore dues à la flore commensale de l’organisme (infections opportunistes) ne sont pas considérées comme contagieuses habituellement, bien qu’elles fassent partie des maladies transmissibles.

L’épidémiologie des maladies transmissibles est l’étude de la fréquence, des modes de transmission et des facteurs de risque des maladies infectieuses dans une population.

Pour qu’il y ait transmission, il faut 3 facteurs : un réservoir, un hôte réceptif et un vecteur.

Le réservoir est le lieu écologique où le micro-organisme vit et se multiplie de façon habituelle.

Le vecteur est l’objet ou l’individu qui transportent le micro-organisme du réservoir jusqu’à l’hôte récepteur. Il peut être animé (animal, insectes, acariens) ou inanimé (eau, aliments, matériels de soins…).

On peut classer les maladies transmissibles en fonction de leur mode prédominant de transmission.

On distingue ainsi 2 groupes de maladies infectieuses : celles à transmission inter-humaine stricte (le réservoir est donc l’homme lui-même), et celles transmises à partir d’un réservoir situé dans l’environnement.

Pour qu’une maladie infectieuse se développe, il faut qu’un hôte ait été exposé ou en contact avec un microorganisme transmissible, et que cet hôte soit réceptif, c’est-à-dire que ses défenses locales ou générales soient insuffisantes pour maîtriser le développement du microorganisme, soit du fait d’une fragilisation temporaire ou définitive (immunodépression pathologique ou thérapeutique, rupture des barrières naturelles) ou par la nature particulière du micro-organisme transmis (inoculum important, virulence, etc.).

Ainsi, un hôte peut être simplement colonisé par un micro-organisme transmis sans développer d’infection cliniquement patente.

La colonisation par un micro-organisme pathogène est cependant souvent le prélude à une authentique infection.

Surveillance et déclaration :

A - Principes généraux de la surveillance des maladies :

Les systèmes de surveillance font partie des moyens que les institutions sanitaires sont chargées de mettre en place pour obtenir une évaluation de la nature et de l’importance des risques pour la santé des populations.

Si la surveillance est aujourd’hui une activité de santé publique à part entière, son origine a tout d’abord été la détection et l’isolement des sujets-contacts suspects de maladies contagieuses (la « quarantaine » pour les passagers des bateaux).

C’est avec Langmuir au début des années 1960 que le sens moderne a été donné à la surveillance des maladies en la distinguant des activités de contrôle.

La surveillance est alors définie comme l’observation continue de la distribution et des tendances de la fréquence des maladies grâce à la collecte, la validation et l’évaluation des statistiques de morbidité et de mortalité.

Ainsi, les 2 principaux objectifs de la surveillance sont :

– fournir un dispositif d’alerte permettant de détecter rapidement les phénomènes épidémiques ;

– analyser les tendances évolutives temporelles ou spatiales des données de morbidité ou de mortalité.

Il est essentiel que le système de surveillance mis en place restitue de l’information utile, en particulier aux praticiens généralistes ou spécialistes.

Ainsi, l’information obtenue peut-elle contribuer à améliorer la qualité des soins en fournissant aux praticiens des statistiques de santé utiles à la décision médicale pour des actions de prévention communautaire.

Par exemple, la détection de cas groupés de méningococcie par l’analyse des données de déclaration obligatoire peut conduire le praticien à proposer en urgence un traitement antibiotique prophylactique ou une vaccination chez les sujets exposés.

B - Systèmes de surveillance des maladies transmissibles en France :

Bien que d’autres maladies bénéficient depuis quelques années d’un système de surveillance spécifique (cancers, santé et environnement, etc.), la surveillance des maladies transmissibles représente le système prédominant en France.

Les données sont issues essentiellement du signalement obligatoire réglementaire, des statistiques de mortalité, des réseaux sentinelles, des centres nationaux de référence (CNR) et des systèmes d’information hospitaliers.

D’autres réseaux contribuent également à fournir des données de surveillance au niveau national.

Citons le réseau de surveillance de la maladie de CreutzfeldtJakob (INSERM U360), l’Observatoire national de l’épidémiologie de la résistance bactérienne aux antibiotiques (ONERBA), la Fédération nationale des observatoires régionaux de la santé ou le service commun SC8 de l’Institut national de la santé et de la recherche médicale (INSERM) qui fournit des statistiques de mortalité.

1- Maladies à signalement obligatoire :

Selon le Code de la santé publique, « la liste des maladies mentionnées à l’article L11 doit faire l’objet d’une transmission de données individuelles aux autorités sanitaires » du département (Direction départementale des affaires sanitaires et sociales) où le cas est survenu.

Autrement dit, tout médecin ayant diagnostiqué l’une des maladies figurant sur la liste des maladies à déclaration obligatoire doit en informer les autorités sanitaires.

Les objectifs et le contenu de cette déclaration ont été actualisés à plusieurs reprises depuis le décret du 10 juin 1986.

La liste de ces maladies concerne essentiellement les infections graves conduisant en général à une hospitalisation (la déclaration est alors faite par le médecin hospitalier) ou les infections à fort pouvoir de diffusion épidémique avec danger pour la collectivité ou pour lesquelles existe un mode de prévention permettant d’envisager une éradication (vaccination).

En 1987, ont été ajoutés la légionellose et le paludisme autochtone ou d’importation dans les départements d’outre-mer, et en 1996, la maladie de Creutzfeldt-Jakob.

Cette liste a à nouveau été modifiée en mai 1999 par un décret en Conseil d’État, avec en particulier la nécessité de déclarer toute séropositivité au virus de l’immunodéficience humaine, les infections aiguës symptomatiques par le virus de l’hépatite B et la listériose.

En revanche, la syphilis et la gonococcie ont été retirées de la liste. Les déclarations sont faites à l’aide de questionnaires spécifiques pour chaque maladie incluant des données démographiques, cliniques et sur l’origine supposée de la contamination.

Ces questionnaires, une fois transmis au médecin de la Direction départementale des affaires sanitaires et sociales (DDASS), sont validés et transmis chaque semaine à l’Institut de veille sanitaire (IVS).

Il les analyse et publie les nouveaux cas dans le bulletin épidémiologique hebdomadaire (BEH) et sur l’Internet.

L’objectif principal de ce système est d’alerter à moindre coût sur l’émergence ou la recrudescence de maladies transmissibles importantes.

Son inconvénient principal est d’être un système passif dont la représentativité et l’exhaustivité sont imparfaites, en particulier pour certaines maladies comme la tuberculose ou la légionellose pour lesquelles l’exhaustivité est inférieure à 50 %.

Cependant, pour une maladie donnée, il fournit des informations à l’échelon national qui peuvent être confrontées avec d’autres systèmes de déclaration (centres de référence, réseaux sentinelles, etc.).

Par exemple, en comparant les statistiques de l’année 1997 des maladies déclarées, on constate que la tuberculose est la maladie infectieuse la plus fréquemment déclarée devant le sida et le paludisme autochtone.

2- Statistiques de mortalité :

Les données de mortalité en France sont issues des données administratives des certificats de décès.

Depuis 1968, l’INSERM (Sc8) est chargé, en collaboration avec l’Institut national de la statistique et des études économiques (INSEE), de gérer annuellement les données concernant les causes médicales de décès. Ces statistiques sont obtenues par les certificats de décès.

Tout décès doit obligatoirement faire l’objet d’un certificat établi par le médecin praticien l’ayant constaté, et mentionnant ses causes primaire et secondaire ainsi que les éventuelles pathologies associées dont était atteint le patient.

La partie inférieure de ces certificats contenant le diagnostic est envoyée sous pli cacheté confidentiel et anonyme à la mairie avec les parties destinées à l’état civil.

Les services de la mairie transmettent la partie cachetée au médecin de santé publique de la DDASS où a été constaté le décès, accompagné du bulletin de décès contenant les renseignements socio-démographiques anonymes.

Le médecin de la DDASS valide et prend connaissance de l’information puis la transmet à l’INSERM qui est chargé de produire les statistiques nationales.

Les causes de décès font l’objet d’une codification complexe selon les règles de la classification internationale des maladies.

En 1997, un nouveau certificat de décès a été créé pour les causes de décès de la mère et de l’enfant.

À côté des statistiques de mortalité et morbidité des cancers et de la pathologie cardiovasculaire, ce système est la principale source d’information sur la mortalité par maladies infectieuses.

Par exemple, ces données montrent que la mortalité par tuberculose a considérablement diminué en France en 20 ans, et que la tendance est plus nette chez les hommes que chez les femmes, même si elle reste l’une des maladies infectieuses les plus préoccupantes.

3- Réseaux « sentinelle » :

Depuis le début des années 1980, des réseaux « sentinelles » ont été créés afin de perfectionner le système d’alerte mis en place pour les maladies transmissibles.

Ces réseaux sont basés sur une surveillance active par des médecins cliniciens ou biologistes, ciblée sur certaines maladies transmissibles non soumises à déclaration obligatoire.

Le réseau national des médecins « sentinelles » repose sur un réseau d’environ 500 médecins généralistes bénévoles représentatifs des praticiens français en termes de structure démographique et de répartition géographique.

Ce réseau surveille actuellement différentes maladies transmissibles diagnostiquées fréquemment en médecine ambulatoire de ville dont la rougeole, les oreillons, la varicelle, les syndromes grippaux, les syndromes diarrhéiques, les hépatites présumées virales, et les urétrites ainsi que les modalités de prescription des tests de dépistage du virus de l’immunodéficience humaine et du virus de l’hépatite C.

Les praticiens transmettent par réseau télématique les informations chaque semaine à l’INSERM U444 à Paris qui est chargé de les analyser et de les restituer aux praticiens en temps réel.

Ce réseau « sentinelle » constitue un véritable réseau d’alerte pour les maladies épidémiques virales courantes en France, en particulier pour les maladies saisonnières telles que la grippe.

Créé depuis 1984, il permet aussi d’analyser leurs tendances évolutives et l’impact des programmes de vaccinations (rougeole, oreillons, grippe).

Les réseaux de laboratoires de biologie regroupent plus de 1 000 laboratoires de biologie médicale publics et privés qui sont chargés de surveiller certains microorganismes dont ceux impliqués dans les maladies sexuellement transmissibles telles que Chlamydia, gonocoques, syphilis, virus de l’immunodéficience humaine (réseaux RENACHLA, RENAGO, RENAVI), les infections bactériennes invasives

– méningocoques, coqueluche (RENACOQ)

– ou les infections rubéoleuses en cours de grossesse (RENARUB).

L’Institut de veille sanitaire valide et analyse ces données en collaboration avec les biologistes.

4- Centres nationaux de référence :

Depuis 1972, ont été institués par les pouvoirs publics les centres nationaux de référence (CNR), dispositifs s’ajoutant à la déclaration obligatoire des maladies transmissibles.

Actuellement, on dénombre 37 centres dont 19 à l’Institut Pasteur.

Ils sont renouvelés tous les 3 ans et les laboratoires qui les accueillent sont choisis en fonction de leur expertise microbiologique.

Au-delà de leur fonction d’expertise qui consiste surtout au typage des souches et à la détermination des résistances aux antibiotiques, ils renforcent, auprès des systèmes de déclaration obligatoire et des réseaux « sentinelles », le dispositif d’alerte pour un grand nombre d’infections en permettant l’identification des souches clonales épidémiques.

Ils participent aussi à la surveillance des résistances aux antibiotiques de certains germes préoccupants (pneumocoques, staphylocoques).

5- Systèmes d’information hospitaliers :

Le programme de médicalisation du système d’information (PMSI) est un outil à visée essentiellement médicoéconomique, destiné à mieux gérer l’activité de l’hôpital.

Il fournit des données d’épidémiologie descriptive par l’enregistrement systématique des pathologies et des actes pratiqués lors du séjour hospitalier des patients.

Il est géré par le département d’information médicale de l’hôpital (DIM).

Il peut constituer un système « sentinelle » pour certaines pathologies (exemple : identification de patients porteurs de bactéries multirésistantes aux antibiotiques) et être enrichi par d’autres systèmes de surveillance à l’hôpital.

Son utilisation à des fins épidémiologiques reste cependant discutée.

Depuis la création par les pouvoirs publics des comités de lutte contre l’infection nosocomiale (CLIN) en 1988 puis du Comité technique national (CTIN) et des centres de coordination interrégionaux (C-CLIN) en 1992, les infections nosocomiales font l’objet en France d’une surveillance attentive tant au niveau de chaque hôpital qu’aux niveaux régional et national.

En 1996, une enquête nationale des infections nosocomiales a été réalisée dans 830 hôpitaux publics et privés et a permis de faire un état des lieux exhaustif de l’infection nosocomiale en France.

Différents réseaux de surveillance coordonnés par les centres interrégionaux ont également été mis en place sur des thèmes prioritaires tels que les infections en chirurgie ou en réanimation, les bactéries multirésistantes, et les accidents exposant au sang chez le personnel de santé.

La loi de sécurité sanitaire du 1er juillet 1998 mentionne que les infections nosocomiales doivent faire désormais l’objet d’un signalement obligatoire aux autorités sanitaires.

Un décret d’application précisera prochainement quelles infections feront l’objet de cette procédure.

Enfin, certaines informations sur les infections nosocomiales peuvent être fournies par les différents comités de vigilance mis en place dans l’hôpital concernant les effets iatrogéniques liés aux transfusions de sang et produits dérivés (hémovigilance), aux médicaments (pharmacovigilance), aux greffes de tissus (biovigilance), et aux dispositifs médicaux (matériovigilance).

La surveillance des sujets séropositifs pour le virus de l’immunodéficience humaine est effectuée dans le cadre hospitalier à partir de la base clinico-épidémiologique du logiciel DMI2 mise en place dans les centres d’information et de soins de l’immunodéficience humaine (CISIH) de chaque hôpital par la « division sida » du ministére de la Santé.

Cette base est gérée par le service commun SC4 de l’INSERM en coordination avec la division sida.

Ces données constituent une source importante de surveillance du sida en France qui rejoint et valide les informations obtenues par le système des déclarations obligatoires des maladies transmissibles et les réseaux de laboratoires.

Ce système permet de dégager les tendances évolutives de l’épidémie de sida au niveau national (caractéristiques cliniques, létalité, groupes à risque et prise en charge).

Investigation d’une épidémie dans une collectivité :

A - Définition d’une épidémie :

Une épidémie se caractérise par toute augmentation significative de la fréquence d’une maladie au-delà de ce qui est observé habituellement.

Elle se définit comme l’apparition d’un nombre inhabituel ou inattendu de cas d’une maladie dans une population, circonscrit dans une méme unité de temps et d’espace. De par son caractère ponctuel, l’événement épidémique se rapporte aux maladies infectieuses aiguës.

On parle de pandémie en cas d’épidémie mondiale (exemple : sida, grippe).

La définition d’une épidémie se distingue de celle d’endémie qui est l’existence permanente d’un nombre de cas d’une maladie dans un lieu défini.

La fréquence d’une maladie endémique peut varier au cours du temps par rapport à son niveau de base.

On parle alors de maladie hypo-endémique si la fréquence est inférieure à son niveau habituel ou hyperendémique si elle est supérieure.

Une hyperendémie peut être difficile à distinguer d’une épidémie, surtout si l’on ne dispose pas de la fréquence habituelle de la maladie mesurée par un système de surveillance.

B - Étapes de l’investigation épidémiologique :

Comme nous l’avons mentionné précédemment, l’identification d’une épidémie est conditionnée à l’existence d’un système d’alerte, c’est-à-dire d’un système de surveillance capable de détecter les premiers cas de l’infection.

Le seuil de détection des cas épidémiques sera fonction des performances et de la fiabilité du système en place (sensibilité, spécificité du système).

L’investigation d’une épidémie suppose non seulement de connaître l’épidémiologie spécifique des microorganismes les plus souvent responsables, mais également de suivre une méthode épidémiologique rigoureuse.

Cette démarche comprend différentes étapes qui s’enchaînent de façon logique pour aboutir à une présomption sur la source et (ou) le mode de transmission de l’épidémie.

La source d’une épidémie correspond à un réservoir dont la localisation ou le caractère inhabituel a provoqué la dissémination des micro-organismes dans la collectivité.

On peut définir les étapes suivantes.

1- Étape 1 :

Pour affirmer qu’il s’agit bien d’une épidémie, c’est-àdire d’une augmentation inhabituelle de cas similaires groupés dans le temps et dans l’espace, plusieurs paramètres sont nécessaires.

• Confirmer le diagnostic de l’infection : les éléments cliniques du diagnostic associés aux renseignements administratifs (nom, âge, sexe) et à l’heure de début et de fin des symptômes sont consignés sur un questionnaire pour chaque malade.

Il est également important d’évaluer la gravité de l’infection et l’existence d’éventuels décès.

• Compter le nombre de cas : on peut distinguer les cas certains des cas probables ou possibles en fonction des renseignements cliniques dont on dispose en cours d’investigation.

On calcule la fréquence (taux d’attaque ou taux d’incidence) et on la compare à la fréquence habituelle de l’infection.

• Représenter les cas sur une courbe épidémique : la forme de la courbe permet d’évoquer des hypothèses de transmission :

– un grand nombre de cas survenant sur une période courte (« bouffée épidémique ») oriente vers une source unique et brève (exemple : toxi-infection alimentaire collective) ;

– des cas survenant par vagues successives avec des intervalles libres évoquent une source intermittente [exemple : épidémie liée à un germe de l’environnement (légionelloses, aspergillose)] ;

– des cas étalés dans le temps avec une augmentation lente du nombre évoquent plutôt un mécanisme de transmission croisée de sujet à sujet (exemple : méningococcie, infection nosocomiale à staphylocoque).

Dans ce cas, il peut être intéressant de représenter la chaîne épidémique qui montre le chevauchement des périodes d’exposition des cas pendant lesquelles des contacts entre les sujets ont pu survenir.

2- Étape 2 :

Mettre en place le plus rapidement possible des mesures préventives afin d’enrayer le phénomène épidémique.

Cette étape est l’objectif principal de l’investigation et ne doit pas être retardée par l’étude analytique visant à déterminer l’origine de l’épidémie.

Selon les hypothèses formulées à la 1re étape, la prévention repose d’une part sur un isolement ou une éviction des cas et éventuellement une prophylaxie des sujets-contacts et d’autre part, sur des mesures de contrôle ou d’éradication d’une source environnementale.

3- Étape 3 :

Compléter l’investigation si nécessaire, surtout si le phénomène épidémique n’est pas enrayé par les premières mesures prises.

En particulier, on peut effectuer :

– une étude épidémiologique approfondie à la recherche de facteurs de risque de l’infection (enquête castémoins) ;

– une étude microbiologique des souches du patient par typage moléculaire peut être effectuée afin d’affirmer ou non le caractère clonal de l’épidémie.

Une étude des souches de l’environnement peut également être effectuée afin de localiser la source de l’épidémie, en particulier pour les infections alimentaires (prélèvements des repas) ou les infections provenant d’un réservoir hydrique (légionnelles, mycobactéries), aérien (aspergillose) ou animal (brucellose, trichinose, etc.) ;

– la recherche de cas additionnels dans d’autres collectivités (intérêt des données issues des réseaux de surveillance).

4- Étape 4 :

Mettre en place ou renforcer le dispositif de surveillance afin de vérifier que l’épidémie est bien contrôlée.

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